Los 8 mejores ERP para Shopify

Shopify se ha convertido en una de las plataformas de comercio electrónico más utilizadas por empresas de todos los tamaños gracias a su facilidad de uso y su capacidad para escalar a medida que crecen las ventas. Sin embargo, gestionar una tienda online no consiste únicamente en vender productos: también implica controlar inventario, pedidos, clientes, facturación y procesos administrativos.

Por este motivo, cada vez más negocios buscan integrar Shopify con un ERP que les permita centralizar la información y automatizar tareas clave. En esta comparativa analizamos los mejores ERP para Shopify, teniendo en cuenta aspectos como la integración con la plataforma, las funcionalidades de gestión, la adaptación a Verifactu, la experiencia de los usuarios y la relación calidad-precio.

ERP para Shopify y Verifactu: normativa 2025-2026

La normativa Verifactu, impulsada por la Ley Antifraude, establece nuevos requisitos para los sistemas informáticos de facturación utilizados por empresas y autónomos en España. Su objetivo es garantizar la integridad, conservación, trazabilidad e inalterabilidad de los registros de facturación.

Por ello, si gestionas una tienda Shopify, es importante que el software utilizado para emitir facturas y gestionar las ventas esté preparado para adaptarse a estos requisitos. Elegir un ERP compatible con Shopify y alineado con la normativa vigente puede ayudarte a evitar futuras migraciones, simplificar el cumplimiento legal y mantener tu negocio preparado para los próximos cambios normativos.

Importante: los programas incluidos en esta comparativa disponen de funcionalidades de facturación, integraciones o planes orientados a la adaptación de la normativa vigente. No obstante, las características concretas pueden variar según la versión contratada y las actualizaciones publicadas por cada fabricante.

Requisitos clave que debe cumplir tu software

Elegir un ERP para Shopify no consiste únicamente en encontrar una herramienta que se conecte con la tienda online. Lo realmente importante es que permita automatizar procesos, centralizar información y facilitar la gestión diaria del negocio a medida que aumentan las ventas.

Antes de tomar una decisión, conviene comprobar que el software cumpla con aspectos como:

• Integración con Shopify mediante conexión nativa, API o aplicaciones compatibles.
• Sincronización de productos, stock y pedidos.
• Gestión de clientes y documentación comercial.
• Facturación adaptada a la normativa vigente.
• Compatibilidad con Verifactu o planes de adaptación.
• Control de inventario y variantes de producto.
• Automatización de tareas administrativas.
• Facilidad de uso y curva de aprendizaje razonable.
• Escalabilidad para acompañar el crecimiento de la empresa.
• Soporte técnico y actualizaciones periódicas.

Cómo hemos seleccionado los mejores ERP para Shopify

Para elaborar esta comparativa hemos analizado diferentes soluciones teniendo en cuenta las necesidades más habituales de las empresas que venden a través de Shopify. El objetivo ha sido identificar aquellos ERP que ofrecen un buen equilibrio entre integración con ecommerce, funcionalidades de gestión y adaptación a la normativa actual.

Los criterios utilizados para esta selección han sido los siguientes:

• Nivel de integración con Shopify.
• Gestión de inventario y catálogo de productos.
• Capacidades de gestión comercial y seguimiento de pedidos.
• Funcionalidades de facturación.
• Adaptación a Verifactu y normativa vigente.
• Facilidad de implantación y uso.
• Valoraciones de los usuarios.
• Relación entre funcionalidades, soporte y precio.

A continuación encontrarás una lista rápida con las soluciones seleccionadas, una tabla comparativa y un análisis detallado de cada ERP para ayudarte a elegir la opción más adecuada para tu tienda Shopify.

Cuáles son los mejores ERP para Shopify

Si buscas una visión rápida antes de analizar cada herramienta en detalle, esta selección reúne algunos de los ERP más interesantes para conectar con Shopify. Hemos tenido en cuenta factores como la integración con la plataforma, las funcionalidades de gestión, la automatización de procesos y la adaptación a la normativa vigente.

ERP	Ideal para	Precio de ERP
STEL Order	Pymes y empresas que quieren conectar WooCommerce con gestión, stock y facturación	Desde 0 €/mes
Odoo	Empresas que buscan un ERP modular y altamente personalizable	Desde 0 €/mes
Sage 50	Negocios con necesidades avanzadas de gestión y contabilidad	Desde 45 €/mes + IVA
FacturaDirecta	Negocios que priorizan la facturación automática desde WooCommerce	Desde 0 €/mes
Billin	Pequeñas empresas que buscan facturación sencilla	Desde 6,60 €/mes aprox.
FacturaScripts	Empresas que buscan una solución flexible y personalizable	Versión gratuita / planes o soporte según proveedor
Quipu	Autónomos y pequeñas empresas de ecommerce	Desde 8,50 €/mes
Anfix	Empresas que buscan combinar facturación y contabilidad	Desde 3,99€/mes

Tabla comparativa de los mejores ERP para Shopify

La siguiente tabla resume las principales características de cada solución, teniendo en cuenta el tipo de integración con Shopify, sus capacidades de gestión y su adaptación a la normativa vigente. De esta forma podrás identificar rápidamente qué ERP se ajusta mejor a las necesidades de tu negocio.

ERP	Integración con WooCommerce	Inventario y catálogo	Gestión comercial	Facturación	Adaptación a Verifactu	Valoración
STEL Order	Integración nativa	Avanzada	Avanzada	Avanzada	Sí	4,9/5
Odoo	Conector/módulo	Avanzada	Avanzada	Avanzada	Sí	3,5/5
Sage 50	Integración externa	Intermedia	Intermedia	Avanzada	Sí	4,2/5
Quipu	Integración directa	Básica	Básica	Avanzada	Sí	4,3/5
FacturaDirecta	Plugin oficial Shopify	Básica	Básica	Avanzada	Sí	4,1/5
Billin	Integración externa	Básica	Básica	Intermedia	Sí	4,3/5
FacturaScripts	Conector/módulo	Avanzada	Intermedia	Avanzada	Sí	4,5/5
Anfix	Integración externa	Básica	Básica	Avanzada	Sí	4,1/5

Nota: El tipo de integración puede variar según la versión contratada, los conectores utilizados y las integraciones desarrolladas por terceros o partners tecnológicos. Las valoraciones y niveles de gestión son orientativos y se han establecido en función de las funcionalidades disponibles y la experiencia general de uso de cada solución. 

A continuación analizamos cada ERP de forma individual para ayudarte a identificar cuál puede encajar mejor con las necesidades de tu tienda Shopify.

Los 8 mejores ERP para Shopify

Elegir un ERP para Shopify no solo consiste en encontrar una herramienta que se conecte con la tienda online. La clave está en seleccionar una solución que permita gestionar el crecimiento del negocio, automatizar tareas y centralizar toda la información en un único lugar.

Algunas empresas necesitan controlar inventarios complejos, otras priorizan la facturación o la gestión contable, mientras que ciertos negocios buscan una plataforma capaz de integrar ventas online y offline. Por ello, cada ERP de esta comparativa está orientado a necesidades diferentes.

A continuación analizamos las principales características, ventajas e inconvenientes de cada solución para ayudarte a identificar cuál puede encajar mejor con tu tienda Shopify.

1. STEL Order

STEL Order es un ERP en la nube diseñado para ayudar a pymes y empresas a gestionar ventas, clientes, inventario, facturación y procesos administrativos desde una única plataforma. Gracias a su integración con Shopify, permite conectar la actividad de la tienda online con la gestión diaria del negocio, evitando tareas manuales y reduciendo errores derivados de trabajar con información duplicada.

La integración permite sincronizar productos, stock, pedidos, clientes y facturas entre Shopify y STEL Order, facilitando una visión centralizada de toda la operativa. Además, es compatible con productos con variantes y permite automatizar procesos relacionados con la facturación y la gestión comercial.

Más allá de la conexión con Shopify, STEL Order incorpora funcionalidades propias de un ERP completo, como presupuestos, albaranes, control de cobros, gestión documental e informes. También está preparado para Verifactu, por lo que resulta una alternativa interesante para empresas que buscan una solución alineada con la normativa vigente.

En qué destaca

STEL Order destaca por conectar Shopify con la gestión diaria del negocio, permitiendo sincronizar productos, stock, pedidos, clientes y facturas desde una única plataforma. Esto ayuda a reducir tareas manuales, mejorar el control de la información y agilizar la operativa diaria del ecommerce.

Ventajas

• Sincronización de productos, stock, pedidos y clientes.
• Gestión centralizada de ecommerce y negocio.
• Compatible con productos con variantes.
• Adaptado a Verifactu.
• Plataforma cloud accesible desde cualquier dispositivo.
• Permite gestionar tanto la tienda online como otros canales de venta desde una única herramienta.

Inconvenientes

• Algunas configuraciones avanzadas pueden requerir parametrización inicial.

2. Odoo

Odoo es una solución de gestión empresarial basada en aplicaciones que permite construir un ERP a medida según las necesidades del negocio. Una empresa puede empezar con módulos básicos e incorporar después herramientas de ventas, inventario, compras, CRM, contabilidad o facturación.

En el caso de Shopify, la conexión suele realizarse mediante módulos o conectores que permiten llevar los datos de la tienda online al entorno de gestión. De esta forma, los pedidos, productos, clientes y movimientos de stock pueden integrarse dentro de los procesos internos de la empresa.

En qué destaca

Odoo destaca por su capacidad de personalización y por su ecosistema de aplicaciones, lo que lo convierte en una opción interesante para empresas que necesitan una solución flexible y escalable.

Ventajas

• Gran variedad de módulos.
• Buena capacidad de personalización.
• Gestión de inventario, ventas y compras.
• Escalable para negocios en crecimiento.
• Disponible en entorno cloud.

Inconvenientes

• Puede requerir una implantación más técnica.
• Los costes pueden aumentar con módulos, conectores o personalizaciones.
• No siempre es la opción más sencilla para negocios pequeños.

3. Sage 50

Sage 50 es una solución de gestión orientada a empresas que necesitan controlar de forma conjunta la facturación, la contabilidad, las compras, las ventas y el inventario. Su enfoque está especialmente pensado para negocios que buscan un mayor control administrativo y financiero de su actividad.

La conexión con Shopify permite trasladar la información generada en la tienda online al sistema de gestión, facilitando el seguimiento de las ventas y la administración de los procesos internos. De esta forma, las empresas pueden trabajar con una visión más unificada de su actividad comercial y contable.

En qué destaca

Sage 50 destaca por combinar herramientas de gestión empresarial y contabilidad en una misma plataforma, siendo una alternativa interesante para negocios que necesitan un mayor control financiero y administrativo.

Ventajas

• Potentes funcionalidades de gestión y contabilidad.
• Control de compras, ventas e inventario.
• Amplia experiencia en el mercado empresarial.
• Adaptado a la normativa fiscal vigente.
• Adecuado para empresas con una gestión administrativa más exigente.

Inconvenientes

• La integración con Shopify suele depender de soluciones externas.
• La interfaz puede resultar menos intuitiva para algunos usuarios.
• Menor enfoque en ecommerce que otras herramientas de la comparativa.

4. Quipu

Quipu es una herramienta de facturación y gestión diseñada para autónomos y pequeñas empresas que buscan dedicar menos tiempo a las tareas administrativas. Su enfoque está orientado a simplificar procesos como la emisión de facturas, el control de ingresos y gastos o la gestión de obligaciones fiscales.

Gracias a su conexión con Shopify, es posible automatizar parte del flujo de facturación generado por la tienda online, evitando tareas repetitivas y facilitando el seguimiento de la actividad comercial desde una única plataforma.

En qué destaca

Quipu destaca por su sencillez y por ofrecer una experiencia muy orientada a usuarios que no necesitan un ERP complejo, pero sí una herramienta que les ayude a mantener bajo control la facturación y la gestión básica del negocio.

Ventajas

• Interfaz intuitiva y fácil de utilizar.
• Automatización de tareas administrativas.
• Compatible con Shopify.
• Compatible con Verifactu.
• Adecuado para autónomos y pequeños ecommerce.

Inconvenientes

• Funcionalidades limitadas para empresas en crecimiento.
• Gestión de inventario poco avanzada.
• Menos opciones de personalización que otras soluciones ERP.

5. FacturaDirecta

FacturaDirecta es un software de facturación online pensado para autónomos, pequeñas empresas y negocios digitales que buscan simplificar la gestión administrativa. Su propuesta se centra en automatizar la emisión de documentos y reducir el tiempo dedicado a tareas de facturación.

La integración con Shopify permite generar facturas automáticamente a partir de los pedidos realizados en la tienda online, evitando tener que crear los documentos manualmente. Esto resulta especialmente útil para ecommerce con un volumen constante de ventas que buscan agilizar su operativa diaria.

En qué destaca

FacturaDirecta destaca por la automatización de la facturación y por ofrecer una solución sencilla para gestionar documentos comerciales sin necesidad de implantar un ERP complejo.

Ventajas

• Generación automática de facturas desde Shopify.
• Fácil de utilizar e implantar.
• Compatible con Verifactu.
• Facturas rectificativas y simplificadas.
• Buen equilibrio entre funcionalidad y simplicidad.

Inconvenientes

• Funcionalidades de gestión empresarial más limitadas que un ERP completo.
• Gestión de inventario básica.
• Menor capacidad de personalización que otras alternativas.

6. Billin

Billin es una plataforma de facturación online enfocada en simplificar la gestión administrativa de autónomos, pequeños negocios y ecommerce. Su objetivo es automatizar la creación de facturas y facilitar el control de la actividad económica sin necesidad de utilizar herramientas complejas.

La conexión con Shopify permite transformar las ventas realizadas en la tienda online en documentos de facturación, reduciendo el trabajo manual y ayudando a mantener la información organizada. Esto resulta especialmente útil para negocios que priorizan la agilidad en la gestión diaria.

En qué destaca

Billin destaca por ofrecer una experiencia sencilla y accesible para empresas que buscan gestionar la facturación de su tienda Shopify sin invertir tiempo en procesos administrativos repetitivos.

Ventajas

• Fácil de configurar y utilizar.
• Automatización de la facturación.
• Compatible con Shopify.
• Adaptado a la normativa vigente.
• Adecuado para autónomos y pequeñas empresas.

Inconvenientes

• No ofrece funcionalidades ERP avanzadas.
• Gestión de inventario limitada.
• Menor capacidad de gestión empresarial que otras soluciones de la comparativa.

7. FacturaScripts

FacturaScripts es un software de gestión empresarial de código abierto que combina funcionalidades de ERP, CRM y facturación en una misma plataforma. Gracias a su estructura modular, permite ampliar funcionalidades mediante plugins y adaptarse a diferentes tipos de negocio.

Su integración con Shopify puede realizarse mediante conectores específicos, lo que permite sincronizar información relevante entre la tienda online y el sistema de gestión. Esto facilita el control de productos, clientes y ventas desde un entorno centralizado.

En qué destaca

FacturaScripts destaca por ofrecer una solución flexible y personalizable, especialmente interesante para empresas que buscan un mayor control sobre su sistema de gestión sin depender de una plataforma cerrada.

Ventajas

• Software de código abierto.
• Amplias posibilidades de personalización mediante plugins.
• Funcionalidades de ERP y CRM integradas.
• Gestión de inventario más completa que otras soluciones orientadas únicamente a facturación.
• Adaptación a Verifactu.

Inconvenientes

• Puede requerir conocimientos técnicos para algunas configuraciones.
• La experiencia de uso depende en gran medida de los módulos instalados.
• La implantación puede resultar más compleja que en herramientas puramente cloud.

8. Anfix

Anfix es un software de gestión empresarial en la nube orientado a autónomos, pymes y pequeños negocios que buscan centralizar la facturación, la contabilidad y la gestión financiera en una única herramienta. Su enfoque está especialmente pensado para simplificar los procesos administrativos y reducir el tiempo dedicado a tareas de gestión.

La plataforma puede integrarse con Shopify mediante conectores y soluciones externas, permitiendo trasladar la información de ventas y clientes al entorno de gestión. De esta forma, las empresas pueden mantener un mayor control sobre su actividad comercial sin necesidad de introducir datos manualmente.

En qué destaca

Anfix destaca por combinar facturación, contabilidad y gestión financiera en una solución sencilla de utilizar, siendo una alternativa interesante para negocios que buscan controlar la parte administrativa de su ecommerce sin recurrir a herramientas más complejas.

Ventajas

• Facturación y contabilidad integradas.
• Plataforma cloud accesible desde cualquier lugar.
• Compatible con Shopify mediante integraciones.
• Adaptado a Verifactu.
• Interfaz sencilla y orientada a pequeñas empresas.

Inconvenientes

• Funcionalidades de inventario más limitadas que las de un ERP completo.
• Menor enfoque en gestión avanzada de almacenes.
• Algunas integraciones pueden requerir herramientas de terceros.

¿Cuál es el mejor ERP para Shopify?

El mejor ERP para Shopify será aquel que encaje con la forma en la que vendes y con el nivel de control que necesita tu negocio. En Shopify es especialmente importante valorar la gestión de variantes, el stock disponible, la automatización de pedidos y la capacidad de convertir ventas online en facturas correctamente emitidas.

Para pymes que quieren conectar su tienda con la gestión diaria del negocio, STEL Order destaca como una opción completa porque permite unir ventas, productos, clientes, stock y facturación en una misma plataforma. Es una alternativa interesante para negocios que no solo quieren vender en Shopify, sino también controlar mejor toda la operativa que ocurre después de cada pedido.

Entre el resto de opciones, Odoo puede encajar en empresas que buscan una solución modular y personalizable, mientras que Sage 50 resulta interesante para negocios que necesitan reforzar la parte contable y administrativa. Por otro lado, FacturaScripts puede ser una buena alternativa para quienes prefieren una solución más flexible y configurable.